Imagerie cellulaire et tissulaire - UMR 144 (Pict-IBiSA)
Mots-clés :
deconvolution, Mots clés : vidéo-microscopie rapide 5D, microscopie FRAP 4D, analyse d'images, segmentation par ondelettes, débruitage d'images
Consultez le rapport d'activité scientifique. (pdf 1,7Mo, mise à jour 9 février 2010)
Pour plus d'informations, consultez notre site : http://pict-ibisa.curie.fr
Depuis février 2006, la plate-forme IBiSA « Imagerie Cellulaire et Tissulaire » de l'Institut Curie est ouverte aux laboratoires extérieurs à l'Institut Curie.
La plate-forme « Imagerie cellulaire et tissulaire » permet aux chercheurs d'étudier des échantillons biologiques grâce à des méthodes optiques, principalement en imageant la fluorescence émise par les chromophores. Nous sommes spécialisés dans les études dynamiques, telles que la vidéo-microscopie 4D rapide qui utilise la restauration d'images et des outils analytiques sophistiqués.
La plupart des installations se situent dans les laboratoires Constant Burg sur le site central de Paris. Elles sont dotées de deux microscopes confocaux, trois vidéo-microscopes pour l'acquisition des données à long terme et d'un microscope 4D/5D à assistance laser (par exemple, pour les études de récupération de fluorescence après photoblanchiment, photoactivation ou photoconversion), ainsi que de deux microscopes 3Dà déconvolution en champ large. De plus, en 2007 la plate-forme acquerra deux nouveaux microscopes confocaux équipés de la technologie à disque rotatif (Nipkow). Au sous-sol, les installations offrent une vaste salle dédiée au traitement de données librement accessible aux chercheurs de l'Institut Curie ; la salle est équipée de dix ordinateurs pour le traitement et l'analyse d'images. D'autres parties des installations sont hébergées dans le bâtiment Pasteur sur le site central de Paris et sur le site d'Orsay.
Pour accéder aux installations de la plate-forme, les nouveaux utilisateurs doivent demander un rendez-vous par e-mail. Ils doivent accepter par écrit la politique d'accès de la plate-forme. Ils sont alors formés, et se voient accorder l'accès au système de réservation en ligne. Un microscope confocal et un microscope 3D à déconvolution en champ large peuvent également être utilisés par les chercheurs extérieurs à l'Institut Curie, lesquels sont soumis à la même politique. L'utilisation des installations par les utilisateurs externes n'est pas gratuite. Pour les projets nécessitant l'assistance du personnel de la plate-forme, une collaboration formelle est généralement convenue.
La plate-forme Imagerie cellulaire et tissulaire assure la maintenance et la mise à jour des matériels et logiciels d'imagerie de l'unité « Compartimentation et dynamique cellulaires » (CNRS UMR144). Elle surveille les nouveautés technologiques du domaine, s'assure de l'acquisition de compétences et savoir-faire et forme les utilisateurs. Grâce aux relations forgées ces dernières années avec les industriels, nous pouvons offrir aux équipes de recherche de l'institut un accès direct, sur place, aux nouveaux outils au fur et à mesure qu'ils sont commercialisés. La plate-forme est également impliquée dans le développement de nouvelles applications et de nouveaux outils, tels que la vidéo-microscopie 5D à assistance laser (système L5D). Enfin, de nombreux membres de la plate-forme organisent régulièrement des cours de formation, ainsi que des ateliers nationaux et internationaux où ils enseignent.
Fig. 1Microscopie 3D à déconvolution de la division d'une cellule HeLa avant (photos de gauche) et après (photos de droite) déconvolution de l'image. Photos d'en haut : section optique de la cellule. Photos du centre : reconstruction 3D vue du haut de la cellule. Photos d'en bas : reconstruction 3D vue du côté de la cellule. (Images obtenues par Jim Dompierre, UMR 146 CNRS, Institut Curie).
La plate-forme « Imagerie cellulaire et tissulaire » est membre de l'European Light Microscopy Initiative (ELMI ; http://cci.sahlgrenska.gu.se/ELMI/), partenaire de l'European Advanced Light Microscopy Network (EAMnet), du GDR 2588 CNRS « Microscopie fonctionnelle du vivant » et du RTmfm (Réseau Technologique en Microscopie Photonique de Fluorescence Multidimensionnelle). Les installations gérées par la plate-forme ont été reconnues en 2003 par le comité de la Réunion Inter-Organisme (RIO) (comité mixte du CNRS, de l'INSERM, de l'INRA et du CEA) et accréditées comme « plate-forme d'imagerie cellulaire, programme RIO »